Τα πρωτόκολλα που χρησιμοποιούνται στην υποβοηθούμενη αναπαραγωγή καταστέλλουν την έκκριση ορμονών από τον ίδιο τον οργανισμό της γυναίκας και στη συνέχεια με την χορήγηση ειδικών φαρμάκων διεγείρουν τις ωοθήκες ώστε να ωριμάσουν περισσότερα από ένα ωοθυλάκια. Ο βασικός στόχος είναι να συλλέξουμε περισσότερα από ένα ώριμα ωάρια για γονιμοποίηση και να αποκλειστεί το ενδεχόμενο πρόωρης ωοθυλακιορηξίας. Στην εξωσωματική γονιμοποίηση χρησιμοποιούνται κυρίως τρία, το μακρύ (long), το βραχύ (short) πρωτόκολλο και το πρωτόκολλο ανταγωνιστών. Η επιλογή του κατάλληλου πρωτοκόλλου καθώς και της ιδανικής δοσολογίας για κάθε γυναίκα γίνεται σύμφωνα με την ηλικία της, την ανταπόκριση των ωοθηκών, καθώς επίσης τον αριθμό και την πορεία παλαιότερων προσπαθειών.

Η καταστολή ξεκινάει είτε την 21η είτε τη 2η ημέρα του εμμηνορρυσιακού κύκλου με την χορήγηση αναλόγων της GnRH ορμόνης. Διαρκεί περίπου δυο εβδομάδες κατά τις οποίες γίνεται υπερηχογραφικός έλεγχος της μήτρας και των ωοθηκών καθώς και μέτρηση των επιπέδων της ορμόνης οιστραδιόλης στο αίμα. Με τις εξετάσεις αυτές ο γιατρός παρακολουθεί την πρόοδο της καταστολής. Εάν η καταστολή των ωοθηκών δεν είναι ικανοποιητική συνεχίζεται η λήψη της αγωγής για μία βδομάδα ακόμα. Στο τέλος της εβδομάδας επαναλαμβάνονται οι παραπάνω εξετάσεις. Όταν η καταστολή είναι επαρκής, ξεκινά η διέγερση των ωοθηκών με τη χορήγηση γοναδοτροπινών. Στο βραχύ πρωτόκολλο και στο πρωτόκολλο ανταγωνιστών η καταστολή και η διέγερση των ωοθηκών γίνεται ταυτόχρονα. Η χορήγηση του φαρμάκου καταστολής ξεκινά τη 2η ημέρα του κύκλου και η χορήγηση του φαρμάκου διέγερσης ξεκινάει την επόμενη μέρα (3η ημέρα του κύκλου).

Τέσσερις με 6 ημέρες από την λήψη την λήψη γοναδοτροπινών γίνεται υπερηχογραφικός έλεγχος και μέτρηση της οιστραδιόλης. Ο σκοπός αυτής της στενής παρακολούθησης είναι να προσαρμοστούν οι δόσεις των ορμονών στις ανάγκες κάθε γυναίκας.

Κατά τη διάρκεια της ωοθηκικής διέγερσης, τα ωοθυλάκια αναπτύσσονται με σταθερό ρυθμό. Η διάμετρός τους αυξάνεται και παράλληλα αυξάνεται και η τιμή της οιστραδιόλης στο αίμα. Όταν τα ωοθυλάκια φθάσουν να έχουν το κατάλληλο μέγεθος(με διάμετρο17-18mm) και η τιμή της οιστραδιόλης είναι ικανοποιητική χορηγείται με ένεση μία ορμόνη που επιτρέπει την τελική  ωρίμανση των ωαρίων. Η ώρα που θα γίνει η ένεση αυτή είναι πολύ σημαντική καθώς 35-36 ώρες αργότερα πραγματοποιείται η ωοληψία.